Фамилия Мушеева — женская форма от Мушеев, и её разумнее всего начинать разбирать с мужского варианта. В основе фамилии лежит имя или прозвище Мушей, которое образовано от тюркского слова «муш» — «кулак» или «сжатая рука». В переносном смысле так могли прозвать человека с сильной рукой, драчуна или, наоборот, того, кто был скуп и «держал всё в кулаке». В тюркских языках такое прозвище было нередким и фиксируется в исторических документах, например, в среде казанских татар и башкир.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ев указывает на принадлежность. Мушеев — буквально «сын Мушея» или «потомок Мушея». Обратите внимание на суффикс: это не -ов, а -ев, что типично для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа «Мушей» даёт именно такой вариант.

Географически фамилия Мушеев (и Мушеева) распространена в Поволжье и на Урале, особенно среди татар, башкир и чувашей. Встречается она и у русских, но в таких случаях следует предполагать, что предок-носитель фамилии был крещёным тюрком или имел тюркские корни. В русской среде фамилия могла быть адаптирована через церковное имя, но это маловероятно: прямого аналога в православных святцах нет, так что тюркское происхождение остаётся основным.

Любопытная деталь: в некоторых диалектах слово «муш» могло означать и «кошка» (сравните с чувашским «муш» — «кот»). Однако такая версия менее правдоподобна для прозвища — прозвища от животных чаще давались по внешности или повадкам, а «кулак» как основа прозвища встречается в тюркской антропонимии значительно чаще. Поэтому основная версия — силовой или характерологический оттенок прозвища Мушей.

Таким образом, носительница фамилии Мушеева может с уверенностью связывать свою фамилию с тюркским прозвищем предка, которое подчёркивало либо физическую силу, либо властный, скуповатый нрав. Фамилия не древняя в смысле боярских родов, но живая и характерная для определённого региона.