Фамилия Мушеев — одна из тех, где на первый взгляд ясный корень оказывается не таким простым. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться сразу с двумя возможными источниками: именем собственным и тюркским словом.

Самый вероятный путь — от личного имени Муша (или Муше). В дохристианской и раннехристианской Руси, особенно на северо-западных и центральных территориях, бытовало неканоническое имя Муша. Что оно означало — вопрос открытый. Возможно, это была уменьшительная форма от Моисей (в народном произношении — Мосей, Мосея). По другой версии, имя Муша — это слегка изменённое мусульманское имя Муса (арабская версия библейского Моисея), которое могло попасть в русскую среду через татар, башкир или народы Кавказа. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й»: Муша → Мушев, но в диалектах и при письменной фиксации форма закрепилась как Мушеев. Таким образом, Мушеев — буквально «сын Муши» или «потомок Мушея».

Вторая, более редкая версия, отталкивается от тюркского слова «муш» или «муша». В ряде тюркских языков (например, в казахском или киргизском) «муш» означает «кулак». Такое прозвище могли дать человеку с сильным ударом, драчуну или, наоборот, тому, кто сжимает руку в кулак в знак угрозы. Однако эта версия менее убедительна: фамилии от прозвищ по частям тела обычно образуются с суффиксом -ов (Кулаков, Локтев), а не -еев. Форма Мушеев скорее выдает именную, а не прозвищную основу.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием и историей межэтнических контактов. Чаще всего Мушеевы встречаются среди татар, башкир, а также в среде кавказских народов (осетины, чеченцы, ингуши). В русском контексте фамилия редкая и, скорее всего, обрусевшая форма исходно тюркского или кавказского родового имени.

Если отталкиваться от модели образования, то Мушеев — типичная «патронимическая» фамилия: она отвечает на вопрос «чей?». В отличие от «вотчинных» фамилий на -ский (которые указывали на владение землёй), Мушеев прямо говорит о родстве: предок носителя звался Муша или Муше. Никакого сословного барьера эта фамилия не подразумевает — её могли носить и крестьяне, и служилые люди, и купцы из татарских или горских родов.