Фамилия Мушегова — женская форма фамилии Мушегов. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или нецерковному имени Муш, которое в русских говорах могло означать «мужчина, мужик» (от диалектного «муш» — «муж, супруг»). В этом случае фамилия образована по модели «прозвище + -егов»: суффикс -егов (фонетический вариант -огов) указывает на принадлежность — «сын Муша», «из рода Муша». Такая словообразовательная схема характерна для северорусских и некоторых поволжских фамилий, где окончание -ов/-ев часто переходило в -огов/-егов под влиянием местного произношения (например, Зуб — Зубегов, Козёл — Козлегов).

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркскими корнями: в ряде тюркских языков «муш» означает «плечо» или «сильный». Однако для русской фамилии Мушегова такая этимология менее типична — суффикс -егов почти не встречается в тюркских заимствованиях, которые обычно оформлялись через -ов/-ев напрямую (Булгаков, Карамышев).

Географически фамилия Мушегова редка. В дореволюционных переписях и современных базах она встречается преимущественно в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает её северное происхождение. Носители фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -егов редко встречались в дворянской среде, так как формировались в основном в низших сословиях.

Таким образом, Мушегова — фамилия, образованная от прозвища Муш с помощью редкого для русского языка суффикса -егов, и её носители, скорее всего, происходят из северных русских земель.