Фамилия Мушегянц — редкий пример, как армянская патронимическая модель наложилась на русскую грамматику. В основе лежит армянское мужское имя Мушег (вар. Мовсес, от библейского Моисей). В Армении от него образовали бы фамилию Мушегян (с суффиксальным показателем принадлежности -ян). Но у этой фамилии окончание иное: -янц. Это русское окончание родительного падежа множественного числа, которое в XIX — начале XX века нередко добавляли к армянским фамилиям при записи в российских документах. Так Мушегян превращался в «Мушегянца» — то есть «из рода Мушегянов». Со временем форма закрепилась как основная.

Имя Мушег в армянской традиции связывают с древнеармянским словом «муш» — «туман» или «мгла», но это народная этимология. Надежнее возводить его к древнееврейскому Моше (Моисей), которое через греческое посредство вошло в армянский именослов. В армянской истории известен полководец V века Мушег Мамиконян, что делает имя престижным и частотным среди знатных родов. Однако фамилия Мушегянц, судя по географии, не столичная: она встречается в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда армяне переселялись из Крыма и Нахичевани-на-Дону в XVIII–XIX веках.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Мушег- + суффикс -янц. Суффикс -янц в русском контексте — не армянский, а адаптированный. По сути, это гибрид: армянское имя, армянский патронимический суффикс -ян и русское окончание -ц (от -ец). Носитель фамилии — потомок человека по имени Мушег, чью семью в российских метриках записали как «Мушегянцы». Сословно предки могли быть как крестьянами-переселенцами, так и купцами или ремесленниками, но точных данных о преобладании какого-то одного сословия нет.