Фамилия Мушегов — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. Это типичная армянская фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ов. В самой Армении её носители — это, как правило, потомки жителей села Муш (историческая область Западной Армении, ныне на территории Турции). Корень «Муш» — это название города и региона, а формант «-ег» характерен для армянских фамилий и означает «родом из» или «принадлежащий». То есть Мушегов — это «из Муша».

Исходная форма фамилии в армянском языке — Мушегян (или Мушегянц). Когда армяне переселялись в Российскую империю, их фамилии нередко русифицировали, добавляя окончание -ов, -ев, -ин. Так Мушегян превратился в Мушегова. Суффикс -ов здесь работает как притяжательный падеж, указывая на принадлежность к роду: «чей?» — Мушегов, то есть сын или потомок Мушега. Само имя Мушег — древнеармянское, его носили цари и князья, а точное значение спорно: одни возводят к «муш» (туман, мгла), другие — к «мушк» (труд, усилие).

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с тюркским корнем «муш» (кошка) или «муша» (крепкий), но для армянской фамилии с таким чётким топонимическим следом это выглядит натяжкой. На Кавказе и в южных регионах России Мушеговы встречаются компактно — в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области, то есть там, где исторически оседали армяне после геноцида 1915 года.

С социальной точки зрения, предки носителя фамилии вряд ли принадлежали к аристократии (княжеские армянские роды обычно сохраняли окончание -ян). Скорее всего, это были крестьяне или ремесленники, переселившиеся из Муша. Фамилия не указывает на профессию, а прямо говорит о месте происхождения — человек из Муша, и его потомки унаследовали эту метку.