Фамилия Мушков происходит от прозвища Мушко. В его основе лежит эрзянское нарицательное «мушко» — так называли пеньку, то есть прядильное волокно из стеблей конопли, а также кудель: пучок вычесанного льна, пеньки или шерсти, приготовленный для пряжи.

Скорее всего, Мушко — «профессиональное» прозвище, указывающее на род занятий основателя фамилии. Предок мог выращивать коноплю, изготавливать из пеньки веревки, канаты или ткани, а мог заниматься чесанием льна и шерсти, подготавливая сырье для пряжи. Такое прозвище легко закреплялось за человеком, чья работа была на виду у всей округи, и со временем превратилось в семейное именование.

Фамилию образовали по стандартной модели: к основе Мушко добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность потомку человека с этим прозвищем. Так сын, внук или более отдаленный потомок Мушко стал Мушковым.

Любопытно, что в русских говорах слово «мушко» встречается и в других значениях, например, так могли называть небольшой предмет или даже ласково — ребенка. Однако эрзянское происхождение выглядит более убедительным, поскольку именно в мордовских языках это слово имеет четкое хозяйственное значение, напрямую связанное с ремеслом. Версия о прозвище от диалектного «мушка» (муха) или уменьшительной формы имени Михаил менее состоятельна и не подтверждается ономастическими источниками.

История фамилии Мушков — это история человека, чей труд был связан с одним из важнейших домашних ремесел. Прядение и обработка льна и конопли кормили крестьянскую семью, а прозвище по этому занятию оказалось настолько точным, что пережило столетия и стало фамилией.