Фамилия Мушкины образована от личного имени или прозвища Мушка, и в этом её загадка: за простым, почти ласковым звучанием скрывается сразу несколько разных историй, и какая из них верна для вашей семьи — сказать сложно.

Самая распространённая версия относит Мушку к древнему пласту мирских имён. До крещения Руси и ещё много веков после него ребёнку могли дать имя-оберег, образованное от названия животного или насекомого. Мушка — это «маленькая муха». Смысл такого имянаречения не в том, чтобы уподобить младенца назойливому насекомому, а в том, чтобы природа приняла его как своего. Считалось, что, называя ребёнка Мушкой, родители как бы прятали его от злых сил, а заодно передавали ему качества, которыми, по народным представлениям, обладала муха: живость, неуловимость, умение вертеться в любой среде.

Однако у слова «мушка» в старину были и другие значения, и каждое из них могло породить прозвище, а затем и фамилию. Так, мушкой называли маленького юркого человека — здесь прозвище отражало характер. Кроме того, мушкой именовали накладное пятнышко из тафты, которое модницы клеили на лицо для красоты, а также прицельную деталь на дульной части огнестрельного оружия. Если основатель фамилии был связан с изготовлением женских украшений или же был оружейником, прозвище Мушка могло указывать на его ремесло. Эта версия правдоподобна, но менее вероятна: прозвища по профессии чаще образовывались от названия самого предмета труда, а не его части.

Формант -ин указывает на принадлежность: Мушкин буквально значит «сын Мушки», «тот, кто из рода Мушки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а. В этом плане Мушкины стоят в одном ряду с Воронкиными, Козявкиными или Сорокиными, хотя последняя фамилия куда более частотна. Мушкины — редкая фамилия, и это говорит о том, что прозвище или имя Мушка не получило широкого распространения, а закрепилось в каком-то одном роду или локальной местности.

Точное время и место возникновения фамилии сейчас установить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Ясно одно: Мушкины — это памятник живой народной традиции имянаречения, где рядом с каноническими церковными именами всегда находилось место для простого, меткого и домашнего слова.