Фамилия Мушкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Мушкин послужило мирское имя Мушка. Мирское имя Мушка восходит к аналогичному нарицательному со значением «маленькая муха» (двукрылое насекомое с хоботком). Давая младенцу такое имя, как Мушка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Мушкин лежит не мирское имя, а прозвище Мушка – так могли прозвать маленького юркого человека. Кроме того, в старину мушкой называли «тафтяное, наклеенное пятнышко на лице, для красы», а также «шип, гранку, на дульной части огневого оружья, для прицела через мишень казенной части». В таком случае прозвище Мушка, предположительно, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься изготовлением и продажей женских украшений или же быть оружейником. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мушка, со временем получил фамилию Мушкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.