Основой фамилии Мушкин послужило мирское имя Мушка. Мирское имя Мушка восходит к аналогичному нарицательному со значением «маленькая муха» (двукрылое насекомое с хоботком). Давая младенцу такое имя, как Мушка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Мушкин лежит не мирское имя, а прозвище Мушка – так могли прозвать маленького юркого человека. Кроме того, в старину мушкой называли «тафтяное, наклеенное пятнышко на лице, для красы», а также «шип, гранку, на дульной части огневого оружья, для прицела через мишень казенной части». В таком случае прозвище Мушка, предположительно, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься изготовлением и продажей женских украшений или же быть оружейником. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мушка, со временем получил фамилию Мушкин. Фамилия Мушкин (-а) образована от прозвища Мушка. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «кусочек черного пластыря или тафты, который - в соответствии с модой - наклеивали на лицо в виде родинки», «украшение на прозрачной ткани в виде специально вытканного плотного кружочка, узелка», «препарат в виде порошка или пластыря, применявшийся как лечебное средство», «старинная карточная игра». Вероятно, прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть портным, цирюльником или лекарем. Возможно также, что прозвище Мушка отражало особенности поведения и привычки предка (следование моде, страсть к азартным играм). Согласно другой гипотезе, прозвище восходит к слову «муха». Подобные прозвища, в основе которых лежит название насекомых, были широко распространены на Руси и в Украине. Не исключено, что Мушкой прозвали ловкого, легкого на подъем или же пронырливого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мушка, со временем получил фамилию Мушкин (-а).