Фамилия Мушковы хранит память о финно-угорских корнях, и её история начинается не с имени, а с прозвища Мушко. В основе лежит эрзянское слово «мушко», которое означало «пенька» — прядильное волокно из стеблей конопли, а также «кудель», то есть приготовленный для пряжи пучок льна, пеньки или шерсти. Такое прозвище, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям: предок мог выращивать коноплю, выделывать из неё канаты или заниматься чесанием льна и шерсти. Род занятий был настолько важен в общине, что закрепился за человеком как основное прозвище.

Со временем прозвище Мушко превратилось в фамилию Мушков через простую и понятную модель: суффикс -ов указывал на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». То есть Мушков — это сын, внук или потомок Мушко. Такая схема образования фамилий была самой распространённой на Руси, но здесь она легла на нерусскую основу, что и делает фамилию самобытным памятником культуры эрзи. Любопытно, что в русском языке слово «мушко» не встречается, поэтому без обращения к финно-угорским языкам расшифровать фамилию почти невозможно.

Встречаются и другие версии происхождения, например, связь с диалектным глаголом «мушкать» или с уменьшительной формой имени Михаил, но они выглядят менее убедительными. Эрзянская этимология объясняет и форму прозвища, и его смысловую нагрузку, поэтому именно её стоит считать основной. При этом важно понимать: фамилия могла закрепиться не в одном поколении, а её носители со временем расселялись, поэтому точно указать место и время возникновения фамилии Мушковы можно только после глубоких генеалогических изысканий. Сама же фамилия — редкий пример того, как повседневный труд, связанный с обработкой растительного волокна, оставил след в родовом имени на столетия.