Фамилия Мушенков — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько равноправных версий. В её основе лежит слово «муха» или «мушка», но вот кем был первый носитель — вопрос более сложный, чем кажется.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов(-ев) присоединяется к основе, которая могла быть прозвищем, мирским именем или названием профессии. В данном случае основа — «Мушенок» или «Мушенко». Суффикс -енок/-онок в восточнославянских говорах указывал на маленькое существо или детёныша: «мушенок» — это буквально «маленькая муха». Такие прозвища часто давали невысоким, юрким или назойливым людям, но не обязательно с негативным оттенком — скорее как бытовую характеристику.

Однако есть и вторая, более конкретная версия. В южнорусских и украинских говорах «мушенкой» или «мушеником» могли называть не только насекомое, а человека, который разводил мух или имел с ними дело, — например, пчеловода, занимавшегося мелкими породами, или просто торговца мушиным ядом. Но это скорее народная этимология, без строгого подтверждения в ономастических словарях.

Более вероятно, что фамилия Мушенков — это «патронимическая» форма от мирского имени Мушенок. В дохристианской Руси и даже позже в крестьянской среде детей часто называли «защитными» именами от насекомых, зверей или птиц, чтобы обмануть злых духов. Мушенок мог быть ласковым или ироничным прозвищем ребёнка, а потом закрепилось за родом. Суффикс -ов сделал фамилию «родовой», то есть «сын Мушенка».

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что подтверждает её связь с диалектной формой «мушенок» (с характерным для украинского и южновеликорусского наречия окончанием -енок). В северных говорах чаще бытовала бы форма «Мушкин» или «Мухин».

Таким образом, предок Мушенковых мог быть просто человеком с прозвищем Мушенок — маленький, быстрый или докучливый, как муха. А мог — и это менее распространённая, но интересная гипотеза — заниматься разведением полезных насекомых или даже быть знахарем, использовавшим мух в народной медицине. Однозначного ответа нет, и это нормально для фамилии, которая не попала в крупные академические словари, а живёт в устной традиции.