Фамилия Мушуруев — редкая и с первого взгляда неочевидная по происхождению. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, а суффикс -ев указывает на модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный или -й. В русской ономастике фамилии на -ев/-ов типичны для центральных и северных регионов, но в данном случае географическая привязка подсказывает иной путь.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. Корень «мушур» или «мушуру» может восходить к тюркскому слову со значением «совет», «совещание» (ср. в некоторых тюркских языках «мешкер» — совет, обсуждение). Прозвище Мушуруй могли дать человеку рассудительному, который часто выступал в роли советчика или участвовал в народных собраниях. Суффикс -ев в таком случае — стандартный русский патронимический формант, который добавили при адаптации фамилии в русскоязычной среде, например, при переписи или переходе в православие.

Вторая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с кавказскими языками. В осетинском и некоторых дагестанских языках есть близкие по звучанию слова, означающие «кузнец» или «мастер по металлу» (например, осетинское «мусур» — кузнец). Если принять эту версию, то Мушуруев — фамилия, указывающая на ремесло предка. Однако в таком случае ожидалась бы форма на -ов (Мушуров), а не Мушуруев, поэтому тюркская гипотеза выглядит убедительнее.

Фамилия не встречается массово, её носители рассеяны по разным регионам России, но заметная концентрация фиксируется в Оренбургской области и Башкортостане — зонах исторического смешения русского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от прозвища, данного в среде оренбургских казаков или башкир, принявших православие. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не обнаружено — скорее всего, это фамилия крестьянская или казачья, что типично для поздних патронимов, зафиксированных в XVIII–XIX веках.