Фамилия Мусинас — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот корень слова вызывает споры. По своей модели это типичная литовская фамилия с суффиксом -ас. В литовском языке суффикс -as — это окончание мужского рода именительного падежа, и огромное количество литовских фамилий (особенно в старой, неославянизированной форме) оканчивается именно так: например, Садаускас, Буткус, Паулаускас. Мусинас — это, скорее всего, «омужиченная» (адаптированная к русской среде) форма исходной литовской фамилии Мусинас (Mūsėnas, Musinas), где конечное -as осталось нетронутым, а не превратилось в русское -ов или -ин.

Сложнее с основой. Первое, что приходит в голову — литовское mūsė (мусе) — «мох». Тогда Мусинас — «тот, кто имеет отношение ко мху»: житель мшистого места, человек с болота, либо прозвище по внешности (мягкий, «мшистый» человек). Версия правдоподобная: фамилии от названий растений и природных объектов в Литве очень распространены. Вторая версия — от литовского musė (мусе) — «муха». В таком случае фамилия могла быть прозвищем докучливого, назойливого человека или, наоборот, того, кто ловит мух (редкое ремесло). Есть и третий вариант: польско-белорусское влияние, где «мусина» — это «вынужденная необходимость», «принуждение». Но для фамилии с литовским суффиксом это менее вероятно.

Географически фамилия привязана к территориям бывшего Великого княжества Литовского: Литва, северо-восток Польши, запад Беларуси. В России Мусинас — фамилия крайне редкая, встречается в основном у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, или у людей, чьи предки жили в этнически смешанных районах (Виленщина, Гродненщина). Сословно носители могли быть кем угодно: от крестьян до мелкой шляхты, так как литовские фамилии на -ас не дают привязки к дворянству — это простонародная модель.

Сравнение с однокоренными фамилиями: если бы фамилия русифицировалась, она выглядела бы как Мусин или Мусинов. Но форма Мусинас сохранила исходный литовский облик, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — предки с такой фамилией почти наверняка жили на территории современной Литвы или прилегающих областей Беларуси.