Фамилия Мусиева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — «Мусий». Это значит, что перед нами типичная «патронимическая» фамилия, то есть отвечающая на вопрос «чей?»: сын или потомок человека по имени Мусий.

Имя Мусий — это народная, разговорная форма канонического церковного имени Моисей. В быту, особенно в крестьянской и мещанской среде, полные имена часто сокращали или переделывали на свой лад: Моисей превращался в Мосея, а затем и в Мусия. Такое чередование гласных (о/у) не редкость для русских говоров, особенно под влиянием аканья или местных диалектных привычек. Таким образом, в основе фамилии лежит крестильное имя, а значит, предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком, получившим при крещении имя Моисей, но в обиходе звавшимся Мусием.

С точки зрения географии, фамилия Мусиева и её мужской вариант Мусиев наиболее характерны для юга России, а также для регионов, где исторически было сильно влияние украинского и белорусского языков. В украинском и белорусском языке форма «Мусий» встречается чаще, чем в северных великорусских говорах. Поэтому корни фамилии стоит искать в Черноземье, на Кубани или в областях, граничащих с Украиной.

Важная деталь: фамилия Мусиева — женская форма, указывающая на женщину как носителя фамилии. Мужской вариант — Мусиев. Эта пара хорошо иллюстрирует, как в русском языке фамилии на -ев/-ов свободно склоняются по родам, в отличие, например, от фамилий на -ский.

В ономастических справочниках фамилию Мусиев обычно не выделяют в особый редкий тип — это рядовая, но не самая частая фамилия, что говорит о её локальном, а не общероссийском распространении. Встречается она и у народов Кавказа, но там она, скорее всего, имеет другое происхождение (от мусульманского имени Муса), а не от русского Моисея.