Фамилия Мусийченко отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и буквально означает «сын Мусийки». В её основе лежит народная форма канонического имени Моисей — Мусийка. Так на Руси и в украинских землях называли мальчиков, крещёных в честь библейского пророка. Само имя Моисей в переводе с древнееврейского толкуют как «спасённый из воды» — это прямой намёк на знаменитую историю о корзине, пущенной по Нилу. Днём памяти пророка в церковном календаре считается 17 сентября, так что именины Мусийки приходились на эту дату.

Суффикс -енко в фамилии — типичный украинский патроним, который закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине примерно в XVI–XVII веках. Если русские фамилии на -ов/-ев отвечали на вопрос «чей сын», то украинские на -енко делали то же самое, но короче и без промежуточного притяжательного прилагательного. Мусийченко — это не «Мусийков», а сразу «сын Мусийки». Такая модель была настолько продуктивной, что породила целые пласты фамилий от уменьшительных имён.

Интересно, что форма Мусийка — не единственная производная от Моисея. В украинской традиции бытовали и другие варианты: Мусиенко, Мусиенков, Мусий, Мусиевич. Все они восходят к одному корню, но каждый зафиксировал свою ступень уменьшительности. Мусийченко стоит на ступень дальше от полного имени, чем Мусиенко, и это говорит о том, что предок носителя фамилии был не просто Моисеем, а именно Мусийкой — так могли звать ребёнка в семье или молодого парня до вступления во взрослую жизнь.

Со временем связь с библейским именем стёрлась. Уже в XIX веке Мусийченко воспринималось не как указание на крестильное имя, а как наследственная фамилия. Носители её встречались в основном среди крестьян и казаков Черниговщины, Полтавщины и Киевщины — регионов, где патронимы на -енко были нормой. Сегодня фамилия остаётся распространённой в Украине, а после волн эмиграции XIX–XX веков — и в русскоязычных общинах Сибири, Дальнего Востока и в странах дальнего зарубежья, куда уезжали украинские переселенцы.

Отдельного внимания заслуживает написание. В украинском языке фамилия пишется через «і» — Мусийченко, и ударение падает на второй слог: Муси́йченко. В русской традиции написание сохраняют без изменений, хотя произношение может смещаться. Встречаются искажённые варианты вроде Мусеенко или Мусиенко — это следы канцелярских ошибок при записи фамилий в метрических книгах, когда писари записывали имя на слух, не сверяясь с документами.