Фамилия Мусненко звучит на украинский лад — её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на Левобережной Украине как основной способ образования фамилий. Первоначально такие формы означали «сын такого-то» или «маленький, младший»: Мусненко — это буквально «сын Мусны» или «потомок того, кого звали Мусна».

Корень Мусн- — самый интересный и спорный. На первый взгляд он напоминает фамилии, образованные от тюркского имени Муса (библейский Моисей в исламской традиции), но в украинской среде такое имя редкое. Гораздо правдоподобнее, что в основе лежит прозвище Мусна — от диалектного глагола «муснути» (слегка задеть, коснуться, мазнуть). В говорах так могли назвать человека неловкого, который всё задевает, или, наоборот, того, кто работает быстро и «наскоком». Есть и вторая линия: в некоторых регионах «мусна» означала грязь, нечистоты, и тогда прозвище могло относиться к человеку неопрятному или работающему с землёй, навозом.

Суффикс -енко в данном случае не просто патронимический, а уже фамильный: он окончательно оформился к XVIII веку, когда казацкая старшина и крестьяне массово получали наследственные фамилии. Поэтому Мусненко — фамилия не древняя, а поздняя, скорее всего, из бывшей Гетманщины (современные Черниговская, Полтавская, Сумская области). Встречается она и сейчас преимущественно на востоке Украины и в приграничных областях России — туда переселялись украинские крестьяне в XIX веке.

Редкий случай: фамилия почти не имеет параллелей с другими суффиксами (нет Мусновых или Мусиных в массовом виде). Это говорит о том, что прозвище Мусна было локальным и не слишком распространённым. Носители фамилии Мусненко — скорее всего, потомки одного рода из небольшого села, где прозвище закрепилось за одной семьёй.