Фамилия Мусяженко звучит настолько по-украински, что сразу понятно: перед нами типичная восточнославянская фамилия с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс — главный маркер фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или названий профессий. Первоначально -енко означало «маленький», «сын» или «потомок», то есть Мусяженко — буквально «сын Мусяги» или «потомок Мусяги».

Основа фамилии — прозвище Мусяга. Оно почти наверняка связано с уменьшительной формой имени Муся, которое в народной речи могло быть ласковым обращением к человеку по имени Матвей, Макар, Матфей или даже Моисей. В украинских говорах и соседних белорусских диалектах Муся — это не столько самостоятельное имя, сколько домашнее, семейное прозвище, которое давали ребёнку или взрослому за мягкий характер или просто по привычке. Возможна и другая версия: Мусяга — прозвище от глагола «мусить» (укр. «быть должным», «вынужденным»), но она менее вероятна, так как основа Муся- встречается в антропонимии чаще именно как имяобразующая.

Суффикс -енко окончательно закрепился в южнорусских и украинских землях в XVI–XVII веках. Фамилии на -енко были особенно распространены среди казаков и мещан Левобережной Украины, Полтавщины, Черниговщины. Мусяженко — фамилия не из редких, но и не массовая; она встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Сибири.

С точки зрения социального происхождения носители фамилии Мусяженко скорее всего относились к казацкой старшине или крестьянству — точных данных нет, но модель образования типична для всех слоёв украинского общества того времени. Интересно, что фамилия сохранила редкий вариант основы: Мусяга вместо более частых Мусько или Мусиенко. Это делает её непохожей на соседние однокоренные фамилии, например, Мусиенко или Мусяков, и подчёркивает местный, диалектный характер прозвища.