Фамилия Мутеева — женская форма фамилии Мутеев. В русской традиции такие фамилии обычно образовывались от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или йот.

Основа «Мутей» или «Муте(й)» — вот что требует объяснения. Вероятнее всего, это вариант имени Мути, которое в тюркских языках (например, татарском, башкирском, казахском) означает «послушный», «покорный», «смиренный». Такое имя могли дать ребёнку с пожеланием спокойного нрава или в религиозной семье, подчёркивая покорность воле Всевышнего. В арабском языке, откуда это слово пришло в тюркские, «мути» имеет то же значение и входит в число эпитетов Аллаха.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от русского прозвища Мутей. В некоторых говорах «мутить» означало «баламутить», «возбуждать ссору». Тогда Мутей — беспокойный человек, зачинщик раздоров. Однако в таком случае фамилия, скорее всего, писалась бы через «т» с твёрдым окончанием (Мутин, Мутев), а не с мягким «ей». Суффикс -ев указывает на мягкую основу, что типично для заимствованных имён.

С географической точки зрения фамилия Мутеев (и Мутеева) встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это говорит о её тюркских корнях: носители фамилии — потомки людей, крещёных или перешедших в православие из татарской, башкирской или казахской среды, либо принявших русскую фамилию по отцу.

В сословном отношении предки носителей фамилии были, скорее всего, государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами. В дворянских родословных книгах фамилия Мутеевых не зафиксирована, что типично для поздних (XVII–XIX века) фамилий, возникших из простонародных имён.