Фамилия Мутеев встречается редко, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Ключ к разгадке — суффикс «-ев». Он указывает, что в основе лежит имя или прозвище, оканчивающееся на согласный или «й» (в отличие от фамилий на «-ин», которые образуются от основ на «-а»/«-я»). Значит, предка звали Мутей, Мутеем или носили прозвище Мутей.

Самая вероятная версия: фамилия восходит к крестильному имени Матфей в его обиходной, народной форме. В русских говорах имя Матфей (от древнееврейского «дар Яхве») произносили как Матвей, а в некоторых диалектах — как Матей или Мутей. Чередование «а»/«у» в безударной позиции — явление нередкое для живой речи: «Матей» могли произнести как «Мутей», особенно в условиях акающих или окающих говоров. Таким образом, Мутеев — это «сын Мутея», то есть потомок человека по имени Матфей (Матвей).

Менее распространённая, но возможная версия — тюркские корни. В башкирском и татарском языках есть слово «мөтәй» (или «мутәй») — «упрямый», «своенравный». В этом случае прозвище Мутей давали человеку с непростым характером, а фамилия образовалась по русской модели (суффикс «-ев»), что типично для народов Поволжья, где фамилии часто русифицировали. Однако эта версия слабее, так как фамилии на «-ев» от тюркских прозвищ обычно фиксируют корень без перегласовки (например, Муртазин, а не Муртеев). Первая версия — от имени Матфей — выглядит правдоподобнее и естественнее для восточнославянской ономастики.

Географически фамилия Мутеев тяготеет к южнорусским областям и Поволжью — регионам, где диалектные формы имени Матвей были особенно живучи. Сословного барьера у фамилии не было: Мутеевы могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством (священники нередко носили фамилии, образованные от простонародных форм канонических имён). Точных сведений о знаменитых носителях нет — фамилия остаётся редкой, что только усиливает её связь с конкретной семейной историей, а не с массовым прозвищем.