Фамилия Мутенин — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию, не затерявшись среди более частых вариантов. Её основа — древнерусское слово «мутеник» или «мутеня», означавшее человека смурного, сварливого, склонного к спорам и ссорам. Корень «мут-» здесь тот же, что в словах «мутить», «смута», «муть»: прозвище давали тому, кто вносил раздор в общее дело или просто отличался тяжёлым, неуживчивым нравом. В говорах слово могло иметь и более узкое значение — «мутеником» называли подстрекателя или бунтаря.

Фамилия образована по стандартной модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин: Мутенин — сын Мутени. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на связь с местом или профессией, что типично для фамилий из личных прозвищ. Интересно, что прилагательное «мутный» дало целое гнездо фамилий: Мутовкин, Мутовин, Мутных, Мутницкий. Мутенин стоит в этом ряду особняком — он образован не от прилагательного, а от существительного «мутеня», что указывает на конкретную живую характеристику человека.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Костромской областях. В Западной Сибири её носители — потомки переселенцев времён Столыпинской реформы. Среди дворянства Мутенины не отмечены: фамилия оставалась в среде крестьян, ремесленников и посадских людей. В переписных книгах XVII века можно найти упоминания крестьян с прозвищем Мутенька, что подтверждает древность корня.

Ономастический словарь Б. О. Унбегауна относит такие фамилии к группе «характеристических» — тех, что прямо описывали поведение или внешность предка. Это не приглаженная фамилия от церковного имени, а бытовое прозвище, которое могло закрепиться за родом иронично или со временем утратить негативный оттенок.