Фамилия Мутонина — женская форма фамилии Мутонин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище или имя Мутя, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Матфей (в народном произношении — Матвей). Или же от имени Митрофан, которое в быту сокращали до Митя, а диалектное произношение могло дать форму Мутя. В любом случае, в основе лежит разговорное, обиходное имя, а не официальное церковное.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Мутонин, то есть сын Мути. Такая модель образования — одна из самых распространённых в русских фамилиях, она типична для центральных и северных регионов России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли давать по отцу (Иванов — сын Ивана), фамилии на -ин чаще образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Есть и другая, менее вероятная версия, которую стоит упомянуть для полноты. В некоторых говорах «мутонить» означало «мутить, баламутить, сбивать с толку». В таком случае прозвище Мутоня могли дать человеку беспокойному, заводиле или просто путанику. Однако связь с личным именем всё же правдоподобнее: прозвища от глагола «мутить» чаще давали в форме Мутной или Мутовка, а не Мутя.

Фамилия редкая, в старых писцовых книгах и ревизских сказках встречается нечасто. По некоторым данным, её очаги — Вологодская и Костромская области, где форма Мутя как вариант имени Матвей была особенно распространена. Таким образом, предки современных Мутониных — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных русских земель, чью фамилию записали по имени или прозвищу отца.