Фамилия Мутушкина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Мутушкин, восходит к прозвищу или нецерковному имени Мутка, Мутушка. В русской ономастике это слово, скорее всего, связано с глаголом «мутить» — в древности так могли называть человека беспокойного, склонного к ссорам и смутам. В словаре В. И. Даля «мутушка» — это ещё и небольшая мутовка, палочка для взбалтывания, что добавляет бытовой оттенок: прозвище мог получить либо тот, кто постоянно «мутит воду» в прямом смысле (например, мельник), либо, в переносном, — зачинщик неразберихи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мутушкин — «сын Мутушки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а, -я. Обратите внимание на редкий для фамилий суффикс -ушк-: он придаёт основе уменьшительно-ласкательный оттенок, что необычно для прозвища с негативной окраской. Возможно, первоначальное прозвище Мутка со временем смягчилось в семейном кругу до Мутушка, а затем закрепилось в фамилии.

По географии фамилия редкая и тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается в архивных записях XIX века по Тульской и Рязанской губерниям, где «мутить» в значении «баламутить» было в ходу. Встречается также вариант Мутошкин, где корень мог смешаться с диалектным «мутошный» — беспокойный, суетливый. Таким образом, предки носительницы фамилии Мутушкина, вероятно, получили прозвание за живой, неугомонный нрав или за ремесло, связанное с перемешиванием чего-либо.