Фамилия Мутушкин образована по одной из самых распространённых моделей в русской ономастике — с помощью суффикса -ин, который присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мутушка. Что оно означало — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть несколько версий, и одна из них выглядит убедительнее других.

Самое прямое объяснение: Мутушка — это уменьшительная форма от слова «мут» или «мута». В северных и сибирских говорах «мута» означала «вздор, путаница, беспорядок», а в некоторых диалектах — «неспокойный, суетливый человек». Прозвище Мутушка могли дать человеку непоседливому, склонному к ссорам или сплетням. Такая версия подкрепляется тем, что в русских фамилиях на -ин нередко встречаются прозвища, характеризующие поведение: например, Воробьин, Баламутин.

Менее вероятная, но возможная версия: связь с глаголом «мутить» в значении «делать мутным, перемешивать». В этом случае Мутушкой могли называть того, кто занимался размешиванием чего-либо — например, при варке пива, кваса или в кузнечном деле. Однако эта версия слабее, так как для ремесленных прозвищ чаще использовали более конкретные названия (Пивовар, Мешалкин).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «сын Мутушки» или «человек из семьи Мутушкиных». В XV–XVII веках такие фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, особенно на Русском Севере и в центральных уездах. В документах фамилия Мутушкин встречается редко, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних волостях и не получила широкого распространения.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века встречается вариант написания «Мотушкин» — с буквой «о» в первом слоге. Это не ошибка, а отражение акающего произношения, свойственного среднерусским говорам. Если ваши предки происходят из Рязанской, Тамбовской или Пензенской губерний, вполне возможно, что в старых записях фамилия писалась через «о», хотя современная норма закрепила вариант с «у».