Фамилия Матушкин напрямую связана со словом «матушка», и в этом её простота обманчива: за ласковым обращением к матери скрывается сразу несколько разных историй, по которым могла возникнуть фамилия.

Самая очевидная версия — прозвище Матушкин давали горячо любимому ребёнку, «матушкину сынку», то есть баловню, сильно привязанному к матери. Но у слова были и другие значения. Матушкой на Руси называли попадь́ю, а ещё — кормилицу или няню, женщину, которая выхаживала чужих детей. Поэтому Матушкиным могли прозвать сына священника или ребёнка, вскормленного чужой женщиной, — прозвище закреплялось за ним в быту и переходило к потомкам.

В документах фамилия встречается с первой трети XVII века. Историк С. Б. Веселовский приводит ранние примеры: туляк Тимофей Матушкин, 1620 год, и посадский человек Семён Матушкин из Гороховца, 1623 год. Уже тогда фамилия бытовала в разных регионах, и это говорит о том, что прозвище было распространённым, а не точечным.

Любопытна география и социальный срез. В 1806 году грамотные крестьяне Матушкины учтены в Нолинском и Слободском уездах Вятской губернии. Само по себе упоминание грамотности в ревизских сказках — редкость для того времени, и оно показывает, что среди носителей фамилии были люди, умевшие читать и писать, что выделяло их из общей массы крестьянства.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Матушкин — «сын Матушки» или «человек из рода Матушкиных». Однокоренные фамилии — Матухин, Матусевич, Матушкин — разошлись по разным словообразовательным ветвям, но восходят к тому же корню. Разница лишь в том, какой вариант прозвища закрепился за родом: от «матуха» или от ласкового «матушка».