Фамилия Матушкеев — редкий пример, где на стыке слышатся сразу несколько языковых традиций. Её основа — имя Матушка, которое в русском быту было не ласкательным обращением к матери, а производной формой крестильного имени Матвей (от древнееврейского Маттитьягу — «дар Яхве»). Через цепочку Матвей → Матуш → Матушка (с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ушк-) образовалось прозвище, а затем и фамилия. Такая модель типична для восточнославянской ономастики, где суффикс -к- в основе часто указывает на разговорную, домашнюю форму имени.

Однако ключевая особенность — это суффикс -еев на конце. В отличие от массовых -ов и -ин, окончание -еев встречается реже и чаще всего указывает на тюркское или финно-угорское влияние. В русских фамилиях оно могло закрепиться при адаптации нерусских имён или прозвищ: например, татарское Матуш (от арабского Мат́а — «подарок») с добавлением русского патронимического суффикса давало Матушеев. Со временем в произношении «и» перешло в «е», и фамилия получила привычный для русского уха вид.

Географически фамилия Матушкеев тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками смешивались славянские, тюркские и финно-угорские народы. В переписях XIX века носители фамилии встречаются среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний России, что говорит о недворянском происхождении. Предки Матушкеевых, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а само прозвище Матушка закрепилось за человеком либо по имени, либо по профессии — например, за тем, кто работал при монастырской «матушке» (настоятельнице) или был её подопечным.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Матушкин, Матушевский, Матушко — показывает, что Матушкеев стоит несколько особняком. В нём нет польского суффикса -ский, как у Матушевского, и нет прямого указания на принадлежность (как в Матушкин). Это фамилия-адаптант: тюркское или диалектное имя пропустили через русский суффикс -еев, и результат оказался неожиданно устойчивым и редким.