Фамилия Матушков происходит от прозвища Матушко. В старину так могли называть потомка женщины, которая кормила грудью чужих детей, то есть кормилицу или старшую няню. Но есть и другая, не менее живая версия: прозвище Матушка (или Матушко) закреплялось за любимым ребенком, сильно привязанным к матери, её баловнем — примерно как сейчас говорят «маменькин сынок». Обе трактовки уходят в народный быт, где ласковое «матушка» звучало и как обращение к матери, и как почётное именование женщины, вырастившей не своего ребёнка.

Сама фамилия построена по простой и понятной модели: к основе Матушк- добавили типичный русский суффикс -ов, который указывал на принадлежность. То есть Матушков — это «сын Матушка», «тот, кто из рода Матушко». Такая схема образования фамилий была самой распространённой на Руси, поэтому фамилия легко вписывается в общий ряд подобных ей — Матушкин, Матухин, Матусов.

Письменные следы фамилии уходят в XVII век. В труде историка С. Веселовского упоминаются: Тимофей Матушкин, 1620 год, Тула, и Семен Матушкин, посадский человек, 1623 год, Гороховец. Эти записи показывают, что уже тогда прозвище бытовало в разных землях — и в тульских краях, и во Владимирском ополье. Значит, носители имени Матушко встречались не в одной деревне, а рассеялись по Руси, и потомки каждого из них со временем закрепили за собой фамилию.

Интересно, что форма Матушков встречается реже, чем Матушкин, хотя корень один. Вероятно, это объясняется местной традицией произношения: где-то прозвище звучало как Матушка, и от него шёл вариант на -ин, а где-то — как Матушко, и тогда образовывалась фамилия на -ов. Обе фамилии — близкие родственники, и человек по фамилии Матушков почти наверняка имеет дальних однофамильцев-«Матушкиных» в соседних губерниях.