Фамилия Матушкеева — женская форма фамилии Матушкеев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он несёт основную этимологию. Матушкеев — фамилия, образованная по патронимической модели, но с характерным суффиксом -еев, который встречается реже, чем -ов или -ин. Этот суффикс, как правило, присоединялся к основам, оканчивающимся на -ей или -ий, и указывал на принадлежность к отцу: Матушкей → сын Матушкеев.

Корень фамилии — имя или прозвище Матушка. В русском языке слово «матушка» имеет два основных значения: почтительное обращение к матери или к женщине старшего возраста, а также название жены священника (попадьи). Однако вряд ли фамилия произошла напрямую от этого слова в его церковном значении: прозвище Матушка могли дать человеку за мягкий, заботливый характер, за сходство с матерью по поведению, либо за то, что он был любимцем матери или воспитывался без отца. Встречается и более прозаичная версия: в некоторых говорах «матушкой» называли мать-одиночку или женщину, которая вела хозяйство без мужа, и прозвище могло перейти на её детей.

С точки зрения географии, фамилия Матушкеев (и Матушкеева) не является массовой. Она редкая и, судя по доступным данным, встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также среди потомков казачества. Редкость суффикса -еев при такой основе позволяет предположить, что фамилия могла возникнуть в локальной среде, где имя Матушка или Матушко (уменьшительная форма) было употребительным. В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) подобные модели описываются как типичные для «полуотчеств» — форм, где суффикс -еев закрепился в документах XVII–XVIII веков.

Вероятно, предки носительницы фамилии Матушкеева были крестьянами или посадскими людьми, так как в дворянской среде такие «бытовые» прозвища, как Матушка, почти не встречались. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие, но даёт яркую характеристику человеку: её основа — тёплое, семейное слово, что делает фамилию скорее прозвищной, чем чисто именной.