Фамилия Матушева — женская форма, а её мужской вариант, Матушев, образован по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от личного имени через притяжательный суффикс -ев. Основа здесь — имя Матуш, которое в славянской традиции является обиходной, сокращённой формой от крестильного имени Матфей (в русском обиходе — Матвей). Суффикс -уш- в уменьшительно-ласкательных формах (ср. Ванюша, Петруша) встречается часто, и Матуш — естественное «домашнее» прозвище для Матвея.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог — МатУшева, хотя в говорах возможны колебания. Модель с -ев указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно как Матуш: либо по имени, либо по прозвищу, которое могло закрепиться за ним в быту. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), форма на -ев типична для основ на мягкий согласный или на -й: Матушев буквально значит «сын (или потомок) Матуша».

Интересно, что в польской и белорусской традициях фамилия Матушевский (от названия села Матушево) встречается чаще, чем простая форма Матушев. Русская же фамилия Матушев — явление более редкое и, вероятно, локальное. Она могла возникнуть в среде, где имя Матвей было особенно популярно, например, среди крестьян центральных или южных губерний России, где суффикс -ев активно вытеснял -ов в фамилиях от имён на мягкий согласный. Географически фамилия Матушева встречается в записях преимущественно в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани — регионах, где смешивались русские, украинские и белорусские переселенческие потоки.

Спорных версий происхождения у этой фамилии немного. Можно было бы предположить связь с польским matus (мать) или с латинским maturus (зрелый), но это натяжка: в русской среде имя Матуш прямо соотносится с Матвеем, о чём свидетельствуют многочисленные исторические документы, где Матуш фигурирует как самостоятельное каноническое имя в уменьшительной форме. Так что самая прямая и правдоподобная версия — от Матвея, и предки носителей фамилии Матушева были, скорее всего, простыми людьми, которых в деревне звали Матушами — ласково или по-соседски.