Фамилия Матушина — женская форма, а её мужской вариант, Матушин, образован по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Матушин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Матуша. Основа здесь — краткая форма крестильного имени Матвей. В разговорной речи и диалектах имя Матвей сокращали до Матуша (как Петя — Петруша, Иван — Ванюша). Суффикс -уш- придавал уменьшительно-ласкательный оттенок.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем. В некоторых говорах «матуша» или «матушка» — обращение к женщине, матери. Однако вряд ли такое обращение стало бы основой для фамилии — скорее, это могло быть мирское имя, данное в семье младшему или любимому сыну. В пользу версии с именем Матвей говорит и распространённость фамилии: Матушины встречаются в центральных и южных регионах России, где имя Матвей было популярно в крестьянской среде.

С точки зрения словообразования, фамилия Матушин — типичный пример «полуотчества»: она застыла в форме притяжательного прилагательного, но не превратилась в полное отчество на -ович. Такие фамилии чаще всего получали крестьяне и посадские люди, а не дворяне. В документах XVII–XVIII веков могли писать «Матюшин сын» или «Матушин», что со временем закрепилось как фамилия.

Если сравнивать с однокоренными, то Матушин стоит в одном ряду с Матвеевым, Матюхиным, Матюшиным. Разница в суффиксах: -еев — от полной формы, -ихин и -ушин — от уменьшительных. Фамилия Матушина, таким образом, не редкая, но и не массовая — её носители, скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени предка, которого в быту звали Матуша.