Фамилия Матушинская — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а мужская (Матушинский) почти не встречается. Это сразу указывает на польский или украинский след: суффикс -ский/-ская типичен для шляхетских фамилий Речи Посполитой, а также для фамилий, образованных от названий мест. В русской традиции фамилии на -ская чаще давались по территории, которой владел род, или по месту рождения.

Основа фамилии — Матуша. Вероятнее всего, это уменьшительная форма от канонического имени Матфей (в народном произношении Матвей). В польском языке имя Mateusz дало производные Matuś, Matucha, Matusz — отсюда и Матуша. Суффикс -ин- в сочетании с -ский указывает на принадлежность: «Матушинский» буквально значит «относящийся к Матуше». То есть предок носителя фамилии мог быть сыном или потомком человека по имени Матуша, либо владельцем хутора или деревни Матушино.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. В Польше и на западе Украины есть несколько населённых пунктов с корнем Матуш- (например, Матушув, Матушино). Если предок происходил оттуда, фамилия могла возникнуть как обозначение переселенца: «тот, кто из Матушева». В пользу этой версии говорит то, что фамилии на -ский в XIX веке часто давали в духовных училищах и семинариях — там их образовывали от названий сёл, где родился ученик.

Социально фамилия Матушинская не была крестьянской или купеческой — её носители в основном принадлежали к мещанству, мелкопоместной шляхте или духовенству. В документах XVIII–XIX веков она встречается в Волынской, Подольской и Киевской губерниях, что подтверждает западнорусское происхождение. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая — её носители живут в России, Украине и Беларуси, а также в эмигрантских общинах.