Фамилия Мутушев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «Мутуш» не встречается в святцах и не имеет прямых параллелей в славянском именослове, поэтому логичнее всего искать корни в тюркских или кавказских языках.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования: так оформляли фамилии от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий. Значит, предка носителя фамилии звали Мутуш. Это могло быть прозвище или личное имя, которое в русской среде адаптировали, добавив типичное окончание.

Самая вероятная версия — связь с тюркским словом «мутуш» или близкими к нему формами. В ряде тюркских наречий корень «мут» означает «упрямый», «своенравный», а аффикс -уш может образовывать уменьшительно-ласкательное или прозвищное имя. То есть Мутуш — «упрямец», «крепкий орешек». Такие прозвища давали людям с твердым характером.

Вторая гипотеза — происхождение из кавказского региона, например, из аварского или кумыкского языков. В них встречаются основы «муту» или «мутI», связанные с понятиями «сила», «мощь», «крепкий». Имя Мутуш могло быть вариантом мужского имени с таким значением. Фамилия Мутушев тогда фиксирует, что родоначальник был сильным или уважаемым человеком.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и на Северном Кавказе (Дагестан, Чечня). Это подтверждает тюркско-кавказскую версию: регионы, где русская фамильная модель наложилась на местные имена.

Версия о происхождении от русского слова «мутузить» (драться) маловероятна. Глагол просторечный и поздний, а фамилия с таким корнем была бы скорее Мутузов. В Мутушеве же основа мягкая, что характерно для заимствованных имён.