Фамилия Мутышев — редкий случай, где прозрачная на первый взгляд основа таит в себе сразу несколько возможных корней. В ней работает стандартная русская модель: суффикс -ев присоединился к основе Мутыш, а та, в свою очередь, образована от личного имени или прозвища. Вопрос в том, что именно легло в основу — слово тюркского происхождения или древнерусское имя.

Самая вероятная версия отсылает к тюркскому корню «мут» — в ряде тюркских языков это слово означает «печаль», «тоска» или «скорбь». Прозвище Мутыш могли дать человеку задумчивому, меланхоличному или тому, кто пережил тяжёлую утрату. В пользу этой гипотезы говорит и география фамилии: Мутышевы встречаются в Поволжье и на Урале — регионах, где веками шло активное смешение русского и тюркского населения. Суффикс -ыш в прозвище характерен для тюркских языков и часто придаёт слову уменьшительно-ласкательный или просторечный оттенок.

Есть и другая, менее очевидная версия — от древнерусского нецерковного имени Мутыш. В старину на Руси бытовали имена, образованные от глагола «мутить»: Мутило, Мутислав. Мутыш могло быть краткой формой такого имени — его давали ребёнку, родившемуся в смутное время или в семье, где не ладились дела. Однако письменных свидетельств существования имени Мутыш в исторических документах практически нет, поэтому эта гипотеза остаётся спорной.

Третья версия — топонимическая. В некоторых областях России, особенно в Вятском крае, существовали деревни с названием Мутыши или Мутышево. Жители таких селений получали фамилию по месту жительства. Если предок носителя фамилии был крестьянином из деревни Мутыши, то фамилия просто указывала на его происхождение.

Словообразовательная модель проста: основа Мутыш + патронимический суффикс -ев (форма родительного падежа, означающая «сын Мутыша»). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах знатных родов. Встречаемость фамилии сегодня невысокая, что делает её интересным объектом для семейного исследования: скорее всего, все современные Мутышевы — потомки одного или нескольких очень локальных родов.