Фамилия Матышев в основе своей имеет личное имя, а не прозвище или ремесло. Её образовали от имени Матыш — так в Польше и Беларуси в старину звучала каноническая форма Матвей. Имя древнееврейского происхождения, и переводят его как «дарованный Богом». На Руси это имя знали с ранних времён: вспоминают Матфея Преподобного (X век), архимандрита, Новоторжского чудотворца, которого считают одним из первых подвижников из иноков на Руси. Потомки человека по имени Матыш со временем и получили фамилию Матышев.

Обратите внимание на суффикс: в фамилии Матышев не «-ов», а «-ев». Это не случайность. Такой суффикс появляется, когда основа имени заканчивается на мягкий согласный или на «ш». В имени Матыш конечный звук всегда мягкий, поэтому и возникла форма Матышев, а не Матышов. По той же модели построены фамилии вроде Тимошев (от Тимош, форма имени Тимофей) или Прошев (от Прош, форма имени Прохор).

Имя Матыш — это уменьшительная или обиходная форма, которая бытовала в западных русских землях, на территориях, исторически связанных с Польшей и Белоруссией. Оттуда она могла перейти и в великорусские области вместе с носителями. Поэтому фамилия Матышев встречается в основном там, куда переселялись выходцы из этих краёв, хотя сегодня её можно найти по всей России.

Сама модель образования — от имени отца без дополнительных суффиксов — типична для большинства русских фамилий, сложившихся к XVII–XVIII векам. Сначала Матышевым называли сына, внука или человека из семьи Матыша, а затем это прозвание закрепилось за родом и передалось по наследству. Никаких иных, более поздних, смыслов фамилия не несёт: она чисто патронимическая, то есть указывает на имя предка.