Фамилия Муйдинова — женская форма, а мужская, Муйдинов, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный с помощью суффикса -ов. Вопрос в том, что это за основа. Здесь мы сталкиваемся с нерусским корнем, скорее всего, тюркским или арабо-тюркским.

Самый вероятный источник — личное имя Муйдин. Оно восходит к арабскому имени Муйиддин (Mu‘īd ad-Dīn), что переводится как «возвращающий веру», «обновляющий религию» или «восстанавливающий веру». В исламской традиции «Муйид» — одно из имён Аллаха, означающее «Возвращающий», а «дин» — «вера, религия». Имя было популярно в среде мусульманского духовенства и образованных слоёв. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть человеком, носившим это имя, или его отца звали Муйдином. Фамилия, скорее всего, сформировалась в среде оседлых тюркских народов — узбеков, таджиков, уйгуров — или среди татар, где такие имена встречаются.

Менее убедительная версия — связь с тюркским словом «муйын» (шея), но она маловероятна: суффикс -ов в этом случае дал бы фамилию Муйынов, а написание «Муйдин» указывает на имя, а не на бытовое прозвище. Географически фамилия распространена в Узбекистане, Таджикистане и среди народов Северного Кавказа, испытавших влияние исламской культуры.

В русском контексте фамилия Муйдинова — яркий пример того, как арабское по происхождению имя через тюркское посредничество вошло в русскую фамильную систему. Носительница такой фамилии может с высокой вероятностью иметь предков из Средней Азии или Поволжья, связанных с мусульманской традицией.