Фамилия Мужипова — женская форма, а её мужской вариант — Мужипов. С точки зрения словообразования это типичная русская фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени, которое заканчивалось на твердый согласный. Основа здесь — «Мужип». Но что стоит за этим словом? Вероятнее всего, это искажённая или диалектная форма мужского имени.

Самая правдоподобная версия: в основе лежит арабское или тюркское имя Мужип (вариант — Муджиб). В переводе с арабского оно означает «отвечающий», «внемлющий» — один из эпитетов, приписываемых Всевышнему в исламе. Фамилия могла возникнуть у татар, башкир или представителей других тюркоязычных народов, исповедующих ислам, в среде которых такие имена были распространены. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, что типично для регионов, где русская администрация фиксировала инородческие имена с этим окончанием.

Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к русскому диалектному слову «мужик» в какой-то местной форме. Однако фонетика («мужИп», а не «мужИк») делает эту версию слабой: перехода «к» в «п» в русских говорах не зафиксировано. Скорее всего, это просто случайное созвучие.

Географически фамилия Мужипова встречается в Поволжье и на Южном Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это подтверждает её тюркско-исламские корни. Носители фамилии, вероятно, происходят из крестьян или мещан, получивших фамилию по имени отца (Мужип → сын Мужипов). Сословной элиты среди предков, скорее всего, не было — фамилия не княжеская и не дворянская, а рядовая, образованная по массовой модели.

Таким образом, фамилия Мужипова — это реликтовая метка, указывающая на имя предка-мусульманина, которое в XIX веке оформили по русскому образцу. Никаких других, более экзотических толкований (например, от профессии или топонима) у неё нет.