Фамилия Мужухоева — редкий пример, в котором ингушское (вайнахское) происхождение почти не вызывает споров. Основа фамилии — мужское имя Мужух, которое в ингушской ономастике связывают с арабским «мухаммад» (прославленный, достохвальный) через местные фонетические изменения. В горной Ингушетии имя Мужух встречалось и как самостоятельное, и как вариант имени Магомед, адаптированный под нормы ингушского языка. Суффикс -оев (в женском варианте -оева) — типичный для русской передачи ингушских и чеченских фамилий, образованных по патронимической модели: «чей?» → «сын Мужуха». Таким образом, Мужухоев — это «потомок Мужуха», а Мужухоева — женская форма той же фамилии.

Географически фамилия тяготеет к Джейрахскому району Ингушетии и прилегающим селениям, где традиционно жили тейпы (родовые объединения) с этой основой. В отличие от более частых фамилий на -ов, -ин в русской среде, Мужухоева сохраняет яркую этническую маркировку: носительницу почти наверняка можно отнести к ингушскому народу. В дореволюционных записях фамилия могла писаться иначе — Мужухов, Мужукоев — из-за колебаний в передаче гортанных звуков на русский лад.

Интересная деталь: в ингушской традиции женская форма фамилии (Мужухоева) не склонялась по падежам в быту — женщину называли «Мужухоева» как родовое имя. В русском документообороте фамилия, напротив, получила полное склонение, что иногда создаёт путаницу: в паспорте может значиться «Мужухоева», а в устной речи старшего поколения — «Мужухоев» (как указание на принадлежность к роду). С точки зрения словообразования, это одна из немногих фамилий, где суффикс -оев не стёрся до -ов, что подчёркивает её нерусское происхождение.

Другие версии — например, связь с тюркским «мужук» (борода) или арабским «мужди» (радостная весть) — лингвистически слабы: ни в ингушском, ни в соседних языках нет устойчивой лексической параллели, а имя Мужух фиксируется именно как антропоним, а не прозвище. Поэтому наиболее правдоподобное объяснение — патроним от арабо-ингушского имени, адаптированного в высокогорных обществах.