Фамилия Музувалкунин — один из тех редких случаев, когда основа слова настолько неочевидна, что сразу понимаешь: перед нами нестандартная модель образования. В ней отчетливо выделяется суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к отцу или предку по имени собственному или прозвищу, оканчивающемуся на -а или -я. Следовательно, в основе лежит личное имя или прозвище Музувалкуня.

Самая правдоподобная версия происхождения этого прозвища — из тюркских языков, где основа «музу» или «муз» может означать «лёд» (сравните казахское «мұз», татарское «боз»). Вторая часть, «валкун», скорее всего, восходит к глаголу со значением «валить», «опрокидывать» или же к имени Валкун (возможно, от тюркского «вал» — «святой», «угодник»). Таким образом, прозвище Музувалкуня могло означать «Ледолом» или «Тот, кто валит лёд» — образное имя для человека, который зимой занимался колкой льда на реке или, в переносном смысле, отличался крутым, «ледяным» нравом, способным «свалить» противника.

Альтернативная, но менее убедительная версия связывает первую часть с арабским именем Муза (вариант Муса, библейский Моисей). В этом случае Музувалкуня — сложносоставное прозвище (Муса + Валкун), что для русской ономастики нетипично, но возможно в среде крещёных татар или мордвы, где тюркские имена переплетались с местными прозвищами.

Региональная привязка фамилии — скорее всего, Поволжье (территория бывших Казанского, Симбирского, Самарского наместничеств). Там, в среде татар, чувашей и мордвы, встречаются фамилии с похожей структурой: Музуров, Валкунов, Музулев. Суффикс -ин вместо более типичного для тюркских фамилий -ов может указывать на то, что предок носителя фамилии был крещён и фамилия оформлялась по русской модели от прозвища на -я. Кем были предки? Скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, занимавшимися сезонной работой на реке (рыболовство, лесосплав, заготовка льда). Фамилия не дворянская и не купеческая — в старых родословных книгах она не встречается, что подтверждает её простонародное происхождение.