Фамилия Мякиненкова — яркий случай, когда географический корень «переехал» в русскую фамилию через брак или переселение, добавив к себе исконно русский женский суффикс. В основе лежит финская фамилия Мякинен (Mäkinen), которая образована от слова «mäki» — «холм, горка». В Финляндии это одна из самых распространённых фамилий: суффикс -nen указывает на принадлежность к местности, то есть Мякинен — буквально «живущий на холме» или «с холма».

В русском языке фамилия приобрела окончание -ова, превратившись в Мякиненкова. Такая модель типична для «обрусения» иноязычных фамилий в XIX — начале XX века, особенно в северо-западных губерниях, где было смешанное финно-угорское и русское население. Мякиненкова — это форма женского рода по мужской линии (чей? — Мякиненкова жена или дочь). Мужской вариант фамилии — Мякиненков.

Финские корни фамилии указывают на предков из исторической области Финляндии или Ингерманландии (территория вокруг Санкт-Петербурга). В XIX веке многие финские крестьяне и ремесленники переселялись в русские губернии, и их фамилии адаптировались под русскую грамматику. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, где основа — имя или прозвище, здесь основа — готовая финская фамилия, что делает Мякиненковых редким примером «фамилии от фамилии».

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Суффикс -ов- здесь не указывает на отчество (как в Иванов), а служит для приспособления иноязычного окончания к русской парадигме склонения. Встретить Мякиненковых можно преимущественно в Карелии, Ленинградской области и среди потомков переселенцев в Сибирь, куда финнов ссылали или отправляли на заработки.