Фамилия Мятухин образована по продуктивной модели русских фамилий на -ин, которые указывали на принадлежность человеку: «чей сын?» — Мятухин. Такие фамилии чаще всего возникали от прозвищ или мирских имён, оканчивавшихся на -уха. В данном случае основа — Мятуха.

Разберём прозвище Мятуха. Скорее всего, его дали человеку суетливому, беспокойному, склонному к бестолковой беготне или спешке. Глагол «мястись» (церковнославянское «мятуся») означает «волноваться», «приходить в смятение», «суетиться». В северных и центральных говорах «мятуха» — это и метель, вьюга, когда снег «мечется», и тревога, переполох. Прозвище могло закрепиться за беспокойным ребёнком или за взрослым, который вечно «мечется» в делах. Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «мять» (мять лён, мять глину), но тогда ожидалась бы форма Мнухин или Мяльщиков.

Фамилия редкая и не относится к числу распространённых дворянских или купеческих родов. Встречается преимущественно в центральных областях России, особенно в бывшей Владимирской и соседних губерниях, где диалектное слово «мятуха» в значении «суета» было в ходу. По переписям XIX века носители фамилии — в основном крестьяне и мещане.

Интересная деталь: в некоторых старых документах фамилию могли записывать как Мятухин (с буквой «ять» в корне, если писарь путал этимологию), хотя к «мяте» (восстанию) она прямого отношения не имеет. Однако в советское время, когда слово «мятеж» приобрело политический оттенок, носители фамилии иногда меняли её на более нейтральные (Мятушкин, Матухин), чтобы избежать ненужных ассоциаций. В современном варианте фамилия звучит архаично, но сохраняет живой отпечаток народной речи — прозвище, которое дали за характер, а не за профессию.