Фамилия Мыгденко — довольно редкая и её происхождение не лежит на поверхности. В ней сразу привлекает внимание основа «Мыгд-», которая не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое, в свою очередь, могло быть связано с диалектным словом или иноязычным заимствованием.

Суффикс «-енко» — один из самых характерных для украинской ономастики. Он указывает на происхождение фамилии с территории Украины или южнорусских земель, где были сильны украинские говоры. В буквальном смысле «Мыгденко» — это «сын Мыгды» или «потомок человека по прозвищу Мыгда». Сам суффикс не несёт сословной окраски: так могли называть и крестьянина, и казака, и мещанина.

Что касается корня, здесь возможны две основные версии. Первая: прозвище Мыгда могло быть образовано от глагола «мыгать» или «мыгнуть» в значении «мигать», «моргать». В южных и западных говорах это слово могло означать человека, который часто моргает, щурится или имеет привычку подмигивать. Прозвища по физическим особенностям или привычкам — очень распространённый тип. Вторая, более редкая версия: основа могла возникнуть от тюркского или кавказского имени или слова, которое при заимствовании приобрело звучание «Мыгд-». Однако в этом случае фамилия должна была бы встречаться чаще в регионах активных контактов с тюрками, чего не наблюдается.

Известных носителей фамилии Мыгденко в истории и культуре практически нет — это фамилия из «народного» слоя, не попавшая в дворянские родословные книги. Поиск по базам данных показывает, что фамилия встречается точечно, преимущественно в восточных областях Украины (Сумская, Полтавская, Харьковская) и в прилегающих районах России. Это подтверждает версию о диалектном происхождении: «мыгать» в значении «мигать» встречается именно в этих говорах.

Таким образом, фамилия Мыгденко — это скорее всего украинская фамилия, образованная от прозвища, данного человеку с характерной манерой моргать или щуриться. Предки носителя этой фамилии были, вероятно, крестьянами или казаками из левобережной Украины.