Фамилия Мынаковский — редкий и интересный случай в славянской ономастике. Скорее всего, перед нами не самостоятельная фамилия, а фонетический вариант более распространенной фамилии Минаковский. Такая замена гласной «и» на «ы» в начале слова — типичная черта для белорусских и части украинских говоров, где звук «ы» звучит тверже и отчетливее. Поэтому, ища корни своих предков, стоит рассматривать обе формы написания как равнозначные.

В основе фамилии лежит прозвище Минак. По самой правдоподобной версии, оно связано с диалектным глаголом «минать», то есть «мять, месить». Такое прозвище мог получить человек, чья работа требовала постоянного разминания чего-либо, например, кожевник, выделывающий кожи, или мастер, месивший глину или тесто. Прозвища по роду занятий были широко распространены на Руси и в Речи Посполитой, и они часто закреплялись за потомками, превращаясь в фамилии.

Существует и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на жизнь. Она возводит основу к личному имени Минай. Это имя — просторечная форма, вобравшая в себя сразу два канонических церковных имени: Мина и Миней. Оба имени имеют греческое происхождение и не были редкостью в святцах, а их краткие формы вроде Мина или Минай нередко использовались как самостоятельные прозвища в быту. В этом случае прозвище Минак могло быть образовано от имени Минай с добавлением уменьшительного суффикса -ак-, что давало значение «сын Миная» или просто ласковое обращение.

Ключевая деталь, которая сразу выдает географию фамилии, — суффикс -ский. В отличие от распространенных на севере и востоке Руси фамилий на -ов и -ин, форма на -ский характерна для западных земель: Польши, Беларуси, а также Украины. Изначально такие фамилии носили представители знати, владевшие землями, и указывали на название поместья или местности. Однако позже эта модель распространилась шире, и ее могли принимать крестьяне и мещане, переселявшиеся из одного региона в другой, чтобы подчеркнуть свое происхождение.

Точное место и время возникновения фамилии Мынаковский сейчас установить сложно. Процесс закрепления фамилий в западных губерниях Российской империи растянулся на несколько столетий и завершился лишь к концу XIX века. Можно лишь предположить, что предки носителей этой фамилии жили на территории современной Беларуси или западной Украины, а написание с буквой «ы» закрепилось в документах уже после того, как семья обосновалась на новом месте.