Фамилия Мызалина — женская форма, мужской вариант — Мызалин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мызала. Слово «мыза» в русских говорах имело несколько значений: отдельно стоящий хутор, усадьба, загородный дом с хозяйством, а также, в некоторых диалектах, — неповоротливый, медлительный человек. Скорее всего, прозвище Мызала дали либо хозяину мызы, либо человеку, который жил на отшибе, либо, что реже, — флегматичному, тяжёлому на подъём человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мызалин — «сын Мызалы» или «человек из семьи Мызалы». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где активно использовались прозвищные фамилии на -ин. В южных и восточных регионах чаще встречался бы вариант Мызалов.

Фамилия редкая. Её географическое распределение, по данным открытых источников, тяготеет к Поволжью и некоторым областям Центральной России. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного или нескольких родов, получивших прозвище в конкретной местности.

Интересная параллель — фамилия Мыза. В русской ономастике она известна с XVI века: в писцовых книгах упоминаются крестьяне и посадские люди с таким именованием. Мызалина, скорее всего, образовалась от той же основы, но через уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму Мызала. То есть это не «владелец мызы», а скорее «маленький мыза» или «человек, которого так прозвали в быту».

Сословная принадлежность предков Мызалиных не определена однозначно. Судя по модели фамилии и отсутствию в дворянских родословных книгах, это крестьянская или мещанская фамилия. В XIX веке носители фамилии могли быть государственными крестьянами, однодворцами или ремесленниками.