Фамилия Мзаева — женская форма от мужской Мзаев. В русской традиции такие фамилии закреплялись за женщинами по мужу или отцу, но сама основа указывает на происхождение носителей с Кавказа, скорее всего из Осетии.

Корень «Мза» в осетинском языке означает «луна». Фамилия образована с помощью осетинского патронимического суффикса -ев/-а, который выполняет ту же роль, что и русские -ов/-ев: указывает на принадлежность к роду. Таким образом, Мзаев — буквально «сын (или потомок) Луны». Вряд ли речь идёт о прямом астрономическом объекте: скорее, прозвище Мза давали человеку со светлым лицом, спокойным нравом или родившемуся в полнолуние. В осетинской антропонимике такие «лунные» имена и прозвища встречаются, хотя и не так часто, как «солнечные».

Альтернативная версия связывает фамилию с тюркскими корнями, где «мза» могло быть искажением личного имени или прозвища, но для Осетии лунная этимология выглядит убедительнее — она подтверждается и структурой фамилии (характерное окончание), и географией: фамилия Мзаевы распространена среди осетин, особенно в Дигорском ущелье.

Фамилия недворянская, крестьянская или горская — носители принадлежали к сословию свободных общинников, которые не знали крепостного права. В документах XIX века Мзаевы фиксируются как жители селений в Северной Осетии. При переезде в русскоязычную среду окончание закрепилось в форме -ев, хотя в оригинале осетинская фамилия звучит как Мзатæ.