Фамилия Мжагин — редкий случай, когда основа настолько затемнена, что даже опытный ономаст задумается. С первого взгляда кажется, что корень «мжаг-» не имеет ничего общего с привычными русскими словами. И это действительно так: скорее всего, перед нами не славянская, а заимствованная основа, адаптированная русским суффиксом -ин.

Модель образования стандартная: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мжагин — потомок человека по прозвищу или имени Мжага. Но откуда взялось само Мжага? Самый вероятный путь — из тюркских языков. В татарском, башкирском или казахском есть слово «мыжық» (в разных диалектах — «мжақ»), которое означает «медлительный», «вялый», «копуша». Прозвище Мжага могли дать неторопливому, флегматичному человеку. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ин часто образовывались от прозвищ, а не от крестильных имён, и география фамилии — она встречается в Поволжье и на Урале, в зоне активных контактов с тюркскими народами.

Менее убедительная, но тоже возможная версия — связь с диалектным русским глаголом «мжать» (щурить глаза, жмуриться). В этом случае Мжагой называли человека с прищуром или близорукого. Однако этот глагол крайне редок, и его производные не дали массовых фамилий, что делает гипотезу слабой. Ещё одна экзотическая гипотеза выводит фамилию от названия реки Мжага (есть в Новгородской области), но тогда житель по реке получил бы прозвище Мжага, а не наоборот, и это скорее исключение.

Таким образом, фамилия Мжагин — это, вероятнее всего, русифицированное тюркское прозвище, закреплённое за одним родом. Предок современных носителей мог быть неспешным, основательным человеком, за что и получил своё прозвище. Встречается фамилия нечасто, в основном в центральной России и на Волге.