Фамилия Мзыкян — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной расшифровке с ходу. Она явно армянского происхождения, на что указывает типичный патронимический суффикс -ян (вариант -янц), означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». А вот корень «Мзык» вызывает вопросы.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с армянским словом «мзык» (մզիկ) — так в некоторых диалектах называют тонкий, прохладный ветерок, почти бриз. В этом случае Мзыкян — потомок человека, которого прозвали за лёгкий, подвижный характер или, возможно, за профессию, связанную с ветром (мельник, сушильщик зерна на току). Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным «мзык» в значении «кислый, терпкий привкус» — такое прозвище мог получить человек с кислым выражением лица или ворчун.

С географической привязкой сложно: фамилия не массовая, не привязана к крупным историческим областям вроде Сюника или Арарата. Скорее всего, она возникла в одном из западных диалектов армянского языка, где слово «мзык» было в ходу, или как микротопонимическая фамилия — от названия хутора или урочища Мзык, которое не сохранилось в современных атласах.

В русском написании фамилия закрепилась через букву «ы», что характерно для передачи армянского гласного «ը» (беглый звук, близкий к русскому «ы»). Поэтому варианты вроде «Мзикян» или «Мзыкян» с ударением на первый слог — не ошибка, а запись одного и того же исходного произношения. Никакого отношения к русским корням или тюркским заимствованиям фамилия не имеет.