Фамилия Набинюк — яркий пример украинской модели образования фамилий, характерной для западных регионов. Её основа — прозвище или нецерковное имя Набиня, а суффикс -юк указывает на принадлежность: «сын Набини» или «потомок Набини». Такая модель с суффиксом -ук/-юк особенно распространена на Волыни, в Подолье и Галичине, где фамилии с этим окончанием составляют значительный пласт.

Корень набин- — тёмный и редкий. Наиболее вероятная версия связывает его с глаголом «набить» в значении «наполнить, натолкать». В украинских говорах «набиня» могло быть прозвищем плотного, коренастого человека, которого «набито» силой и здоровьем. Реже — прозвище того, кто занимался набивкой (например, набивал подушки, матрасы или занимался набойкой на тканях). Есть и более спорная гипотеза о связи с диалектным «набіг» — набег, нападение, но она не подкрепляется суффиксальной структурой фамилии.

В польском языке существует слово «nabić» с тем же значением — «набить, наколоть». Учитывая историческое влияние Речи Посполитой на западноукраинские земли, не исключено, что прозвище возникло на пограничье языков. Однако сама фамилия — однозначно украинская по форме.

Географически фамилия Набинюк встречается прежде всего в Ровненской, Волынской и Тернопольской областях, единичные носители — в Беларуси (Брестчина) и среди украинской диаспоры. Фамилия не относится к числу распространённых, что делает её редкой и локально привязанной к определённым сёлам.

С точки зрения социального происхождения, носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В дореволюционных метрических книгах XIX века Набинюки записаны как «малороссияне» или «крестьяне» в Волынской губернии.