Фамилия Набунский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную или именную основу. Суффикс -ский указывает на формирование по польской или западнорусской модели, характерной для шляхты и духовенства: так образовывали фамилии от названий местечек, усадеб и сел. В случае Набунского есть все основания искать топоним с корнем Набун-.

Самый прямой кандидат — село Набунь или Набуни (в прошлом — Набунь) на территории современной Гродненской области Беларуси, недалеко от границы с Польшей. В XIX веке это было небольшое имение в Сокольском уезде. Если предок владел землей в Набуни или просто жил там, его потомки легко могли получить прозвание Набунский — «тот, кто из Набуни». Такая модель образования — одна из самых прозрачных в ономастике: от названия места через суффикс принадлежности.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с личным именем Набун. В древнерусских и западнославянских источниках такое имя не фиксируется как распространенное, но могло быть прозвищем от глагола «набунить» — в диалектах «надуть», «напыжиться» или, наоборот, «набухнуть» (о почве, о воде). Однако прозвище, давшее фамилию на -ский, — случай нечастый: обычно -ский закреплялось именно за дворянскими или церковными родами, которые брали фамилию по земле, а не по личной черте.

Окончание -ский в фамилии Набунский — не просто суффикс, а маркер социального статуса в Речи Посполитой. Мелкая шляхта, выезжавшая из одного поместья, часто носила такие фамилии, и к XIX веку многие из них перешли в крестьянскую среду, особенно после отмены крепостного права, когда бывшие помещичьи крестьяне получали фамилии по названиям деревень. Поэтому среди носителей фамилии Набунский могли быть как потомки обедневших шляхтичей, так и крестьяне, записанные по месту жительства.

Встречаемость фамилии сегодня — низкая, сосредоточена в основном в западной части Беларуси и среди потомков эмигрантов первой волны. В России фамилия редка, и если она встречается, то почти всегда указывает на корни из Гродненщины или соседних регионов. Вариантов написания, кроме Набунский, практически нет — это говорит о том, что фамилия сложилась поздно, в письменную эпоху, и не успела обзавестись диалектными формами вроде Набунской или Набуньский.