Фамилия Набутовский принадлежит к древнему пласту славянских фамильных прозвищ, которые образовывались от названия местности, откуда родом был предок. Суффикс -ский в таких фамилиях указывает на связь с географическим объектом и отвечает на вопрос «откуда?»: человек из Набутова становился Набутовским. Это типичная модель для шляхетских и дворянских фамилий на восточнославянских землях, особенно распространённая на территории современной Украины и Беларуси.

Основная версия связывает фамилию с топонимом Набутово — так называется село в Черкасской области Украины. Однако есть и более любопытная гипотеза, уводящая нас в историю Великого княжества Литовского. Согласно ей, Набутово — это искажённое название части имения княжеского рода Нарбутов, находившегося неподалёку от Минска и входившего в состав старинного села Корень.

Во второй половине XVI века имение Корень относилось к Менскому повету одноимённого воеводства и делилось на две части — престимонии, доход с которых шёл на содержание членов капитула. В последней четверти XVI века здесь основали католический костёл, чей приход охватывал всё имение и соседние территории. В 1605 году часть имения с застенком Нарбутов (со временем превратившимся в Набутово) выделили на содержание ксендза Кореньского костёла. Застенки — мелкие поселения в 1–3 двора — постоянно возникали и исчезали, но Нарбутово и соседний Козыри в XIX веке разрослись в постоянные деревни.

Эта версия напрямую связывает фамилию Набутовский с родом Нарбутов — древней дворянской семьёй литовского происхождения, известной с XV–XVII веков. Переход «Нарбутово» в «Набутово» объясним: начальное сочетание «нар» в быстрой речи редуцировалось до «на», а фамилия закрепилась в более простой для произношения форме.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий растянулся на столетия, и разные ветви рода могли получить её независимо друг от друга в разных регионах. Но обе версии — и украинская, и белорусская — сходятся в главном: Набутовские происходят от землевладельцев или жителей конкретного места, чьё название сохранилось в фамилии как память о родовом гнезде.