Фамилия Набутова — женская форма от Набутов, и её разумнее всего рассматривать в мужском варианте, чтобы понять корень. В центре внимания здесь не географическая привязка и не очевидное ремесло, а довольно редкая словообразовательная модель, которая заставляет задуматься.

Основа фамилии — «Набут». Сразу отбрасываем версию о связи с украинским или белорусским «набути» (набухнуть, размокнуть) — это слишком натянуто и лишено бытовой логики для прозвища. Куда правдоподобнее, что перед нами вариант фамилии, образованной от прозвища или имени, которое в свою очередь возникло из глагола с приставкой «на-» и корнем «-бут-». В южнорусских и украинских говорах «бут» — это камень-известняк, а также щебень или бутовый камень. «Набут» могло означать человека, который занимался добычей или укладкой такого камня, то есть каменщика или строителя фундаментов.

Вторая, более интригующая версия, связана с личным именем. В старых русских документах встречается неканоническое имя Бут или Бута. С приставкой «на-» оно могло превратиться в прозвище Набут — «тот, кто на Буте» или «сын Буты». Такой способ образования («на» + имя отца) встречается, но нечаст, что и делает фамилию Набутов выделяющейся на фоне стандартных патронимов на -ов.

Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: Набутов — сын Набута. Женская форма Набутова, соответственно, означает «жена или дочь Набутова». Фамилия не относится к числу дворянских или широко распространённых — её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или ремесленной среды южных регионов России. Сходные по модели фамилии — Набережнов, Нагорнов, но у Набутова приставка слилась с корнем, а не с топонимом, что делает её особенно интересной для этимолога.