Фамилия Наботова — женская форма, а мужская, Наботов, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью патронимического суффикса -ов. Это значит, что в основе фамилии лежит личное имя или прозвище родоначальника.

Корень здесь неочевиден, и тут возможны два основных пути. Первый и самый прямой: основа «Набот» — это искажённая или диалектная форма канонического имени. В русских говорах имя Абакум (церковное Аввакум, от древнееврейского «объятие Божье») нередко произносили как Обаккум, Бакум, а в некоторых регионах — и как Набот. Потеря начального гласного и появление «н» перед ним — типичный для народной этимологии процесс: слово переосмыслялось как начинающееся с предлога или приставки («на бота»). Если это так, то Наботовы — потомки человека по имени Аввакум (в бытовом варианте Набот).

Вторая версия — прозвищная. В северных и сибирских говорах «наботать» значит «настучать, наколотить, сделать много шума». Человека, который был шумным, суетливым или, напротив, настойчивым в работе (например, плотника, кузнеца), могли прозвать Набот. От такого прозвища и пошла фамилия. Эта версия менее вероятна, чем первая, потому что глагол «ботать» (стучать, бить) чаще ложился в основу таких фамилий, как Ботов или Боталов, а форма с приставкой «на-» в прозвищах встречается реже.

Географически фамилия Наботов встречается нечасто, но прослеживается в Поволжье и на юге России — в тех областях, где старообрядческие и крестьянские говоры лучше сохраняли архаичные формы имён. В метрических книгах XIX века можно найти запись «крестьянин Набот Алексеев», что подтверждает бытование имени как самостоятельного.

Таким образом, фамилия Наботова скорее всего восходит к крестильному имени Аввакум в его народной форме. Это ставит её в один ряд с фамилиями Абакумов, Бакумов, Набатов — все они звучат по-разному, но ведут к одному библейскому предку.