Фамилия Набоова — редкий случай, когда написание говорит о фамилии больше, чем корень. Двойное «оо» в суффиксе сразу выдает нерусское происхождение: в русских фамилиях такой модели нет. Скорее всего, перед нами русифицированная форма фамилии народов Северного Кавказа или Закавказья.

Основа «Набо» может восходить к мужскому имени Наби (араб. «пророк», «вестник»), распространенному у мусульманских народов — чеченцев, ингушей, кумыков, татар. В тюркских и кавказских языках фамилии часто образовывали с помощью патронимических суффиксов, но при записи в русских документах их переоформляли по русской модели: добавляли окончание -ов/-ова. Так Набиев могло превратиться в Набиов, а при небрежном написании — в Набоов. Двойное «о» могло возникнуть из-за того, что конечный гласный основы (Наби+о) совпал с суффиксом -ов, и на письме это закрепили как «оо».

Другая, менее вероятная версия — связь с аварским словом «наб» (в значении «молния» или «блеск»). В таком случае фамилия могла быть прозвищем быстрого, вспыльчивого или заметного человека. Но аварские фамилии чаще оформляются суффиксом -ов/-ев без удвоения, так что это лишь гипотеза.

Географически носители фамилии Набоова встречаются в Дагестане и Чечне, реже — среди кумыков. В русских метриках XIX века подобные написания могли фиксировать со слуха, поэтому нельзя исключать, что изначально фамилия звучала иначе (например, Набиева), но при переписи или записи в паспорт закрепилась странная форма.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Набоо́ва. Это типично для кавказских фамилий, русифицированных с сохранением акцента на окончании.